文章目录

1 材料与方法

1.1 豨桐丸活性成分数据库的建立

1.2 靶蛋白数据库的建立

1.3 分子对接

    1.3.1 参数设置

    1.3.2 方法可靠性验证

1.4 分子动力学模拟

1.5 网络药理学分析

    1.5.1 成分靶点筛选

    1.5.2 疾病靶点筛选

    1.5.3 韦恩图、蛋白质蛋白质相互作用网络构建(protein-protein interaction, PPI)网络构建及拓扑分析

    1.5.4 中药-成分-疾病靶点网络构建

    1.5.5 MCODE聚类分析

    1.5.6 GO富集分析

    1.5.7 KEGG通路富集

2 结果

2.1 分子对接结果

    2.1.1 方法可靠性验证

    2.1.2 豨桐丸化学成分与靶蛋白对接结果

    2.1.3 豆甾醇与5个靶蛋白的相互作用分析(单成分-多靶点作用)

    2.1.4 4个化合物与靶蛋白3ZC6作用的模式分析(多成分-单靶点作用)

    2.1.5 豆甾醇与靶点结合的相互作用分析

2.2 分子动力学模拟结果

    2.2.1 分子叠合分析

    2.2.2 RMSD分析

2.3 网络药理学结果与分析

    2.3.1 RA靶点查找

    2.3.2 韦恩图

    2.3.3 PPI网络构建及拓扑分析

    2.3.4 中药-成分-疾病靶点网络构建

    2.3.5 MCODE聚类分析

    2.3.6 GO富集分析

    2.3.7 KEGG通路富集

3 讨论

文章摘要:目的:基于分子对接与网络药理学探究豨桐丸治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的潜在生物学机制。方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台结合文献挖掘,收集豨桐丸所含有的活性成分,并进行口服利用率、血脑屏障透过率和药物相似性等参数筛选;选择与RA相关的靶蛋白建立受体分子库;应用分子对接进行药物成分的初步筛选并通过50 ns的分子动力学验证对接结果的可靠性;通过化学成分靶点预测和靶点注释,采用Cytoscape 3.6.1软件进行活性成分靶点网络和靶点-疾病网络的构建及拓扑分析,验证了重要的成分与靶点;运用DAVID数据库对豨桐丸的靶点进行GO分析和KEGG富集分析。结果:豨桐丸中化学成分豆甾醇、羽扇醇、谷甾醇、芹菜素-7-O-β-D-葡萄糖醛酸苷丁酯主要通过疏水作用与相关靶蛋白结合发挥药效;豨桐丸治疗RA的机制涉及细胞过程、炎症反应过程等生物过程,涉及细胞膜、突触前膜、膜筏等细胞组分,白蛋白、肿瘤坏死因子、血管内皮生长因子A、丝裂原激活的蛋白激酶、前列腺素G/H合成酶2等多种物质;涉及的信号通路有神经活性配体受体相互作用通路、癌症蛋白多糖通路、人巨细胞病毒感染通路、JAK信号通路、乙肝通路等。结论:豨桐丸治疗RA的分子机制可能是通过多成分、多靶点、多通路的协同作用来发挥疗效,其主要生物学机制可能与神经活性配体-受体相互作用等信号通路有关,这为豨桐丸的推广及RA新药的研发奠定了研究基础。

文章关键词:豨桐丸,类风湿性关节炎,活性物质,分子对接,分子动力学,网络药理学,

项目基金:河南省科技攻关计划项目(082102310028),

论文作者:庄严 王少佩 王永林 胡玉龙 仝艳 董春红 李晓飞 

作者单位:河南中医药大学 

论文DOI: 10.16368/j.issn.1674-8999.2021.09.417

论文分类号: R285

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