《中国药理学与毒理学杂志》
1 材料和方法
1.1 获取OK活性成分与基因靶点
1.2 筛选OP致病靶点
1.3 PPI网络构建与KEGG和GO分析
1.4 “药物-活性成分-疾病-靶点”模型构建
1.5 分子对接模拟
2 结果
2.1 筛选OK活性成分和靶蛋白信息
2.2 OP致病靶点
2.3 交集靶点获取与Venny图
2.4 PPI 网络构建
2.5 GO 和 KEGG分析
2.6 构建“药物-活性成分-靶点”网络模型
2.7 分子对接模拟分析
3 讨论
文章摘要:目的借助系统药理学探讨彝药恒古骨伤愈合剂(osteoking, OK)治疗骨质疏松症(osteoporosis, OP)的药效成分、作用靶点及作用机制,并运用分子对接技术进行对接验证。方法借助TCMSP筛选OK的活性成分及作用靶点;查询GeneCard、OMIM、DisGeNet、TTD等数据库,筛选OP相关的基因靶点;利用STRING和Cytoscape软件构建交集基因靶点蛋白互作网络(PPI),查找OK治疗OP的核心靶点基因,对核心靶点借助DAVID、KEGG Mapper数据库进行GO、KEGG分析。最后运用Autodock进行对接验证。结果收集到槲皮素、山奈酚、反式十八烷酸、反11-二十碳烯酸、熊果酸、β-谷甾醇、委陵菜酸等主要活性成分;涉及到细胞对脂质、有毒物质、脂多糖、细菌源分子、无机物、有机环化合物、有机氮化合物的反应等生物学过程;可能通过PI3K/Akt、Ras、MAPK等多通路发挥作用。分子对接提示熊果酸与AKT1、ALB、IL-6结合效果较好。结论初步明确了OK通过多靶点、多通路参与促成骨、抑制破骨的作用,为下一步实验研究提供理论支持与设计思路。
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